Webové aplikace v rámci IS MAGION umožňují zobrazení dat ve formě webových sestav a řízení procesů kontroly obsahové správnosti dokladů. Sestavy jsou primárně určeny pro uživatele, kteří nemají přístup do EIS MAGION a PaMS MAGION. Aplikace pro elektronické schvalování dokladů umožňuje zastřešit celý proces kontroly v rámci organizace.