Řešení IS Magion je založeno na využití dvou nebo třívrstvé architektury.

V případě dvouvrstvé architektury je aplikační a prezentační vrstva sloučena do tzv. tlustého klienta přímo na klientské stanici (situace 3).

V případě třívrstvé architektury je aplikace zpřístupněna přes tenkého klienta terminálového serveru (situace 1) nebo přes webovou aplikaci pracující v rámci webového prohlížeče (situace 2).

Nejnižší vrstva (datová) slouží ke vkládání, uchování a zpřístupnění dat. Je realizována relačním SQL databázovým serverem. Mezi podporované servery patří MS SQL Server (od verze 2000), Oracle Server (od verze 8i), Informix (od verze 9).

Prostřední vrstva (aplikační) zajišťuje vlastní aplikační logiku a zpracování dat. Buď je integrovaná v tlustém klientovi IS Magion spouštěném v rámci terminálového serveru (situace 1) nebo se jedná o webovou aplikaci provozovaném na platformě .NET nebo J2EE (situace 2).

Nejvyšší vrstva (prezentační) zajišťuje uživatelské rozhranní IS Magion. V situaci 1 je aplikace zpřístupněna přes tenkého klienta terminálového serveru. V situaci 2 se uživatelská komunikace se systémem odehrává v rámci webového prohlížeče. Situace 3 popisuje zpřístupnění aplikace přes tlustého klienta, který je vázaný na platformu Windows. Podporované operační systémy: MS Windows 2k, XP, Vista, Server 2000, Server 2003.

K datům IS Magion lze z externích aplikací přistupovat buď přímo přes SQL rozhranní nebo přes webové služby provozované na aplikačním serveru.