Struktura organizace pro účely systému Lidské zdroje a mzdy Magion je základně řešena v úlohách Organizační jednotky (definované organizační jednotky se využívají ve všech oblastech systému Magion) a Pracovní místa.
Organizační jednotky
Číselník organizačních jednotek představuje jeden ze základních číselníků organizace zachycující členění organizace na pracoviště, střediska, fakulty, závody apod. Obsahuje definici nadřízenosti a podřízenosti mezi organizačními jednotkami a další údaje zachycující jejich vlastnosti. Jednotlivé záznamy dané organizační jednotky jsou určeny identifikací organizační jednotky a datem počátku platnosti organizační jednotky.
Organizační jednotky jsou navázány na pracovní místa. K jedné organizační jednotce může být přiřazeno několik pracovních míst, ale k jednomu pracovnímu místu může být přiřazena pouze jedna organizační jednotka.
Pracovní místa
Úloha slouží k evidenci pracovních míst definovaných v rámci organizace. Pracovní místo je identifikováno jednoznačným identifikátorem. Pracovní místo je nositelem informací popisujících jeho vlastnosti a využívaných k vyhledávání vhodných osob pro obsazení pracovního místa, definici náplně práce a činností vykonávaných na pracovním místě a pro stanovování požadavků na osoby, které mají být na pracovní místo zařazeny. K jednomu pracovnímu místu lze v jednom okamžiku přiřadit více zaměstnanců (např. v případě zastupování, zaučování), platí však i opačný vztah, kdy jednoho zaměstnance lze přiřadit na více pracovních míst.
Spolu s evidencí organizačních jednotek zachycuje úplnou organizační strukturu organizace.